Juraj Belaj rođen je 1968. godine u Ptuju, Slovenija. Školovao se u Zagrebu gdje je na Filozofskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu diplomirao informatologiju i arheologiju 1997. godine. Magistrirao je 2001. („Arheološko naslijeđe viteških redova na sjeverozapadnom prostoru središnje Hrvatske“) i doktorirao 2005. („Arheološka provjera nazočnosti templara i ivanovaca oko Ivanščice“) na Odsjeku za arheologiju Filozofskoga fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.
Od 1997. zaposlen je na Institutu za arheologiju u Zagrebu, godine 2018. izabran je u zvanje znanstvenog savjetnika. Od 1997. godine kontinuirano sudjeluje u znanstveno-istraživačkim projektima posvećenima srednjovjekovnom arheološkom nasljeđu Hrvatske: „Srednjovjekovno arheološko nasljeđe kontinentalne Hrvatske“ (1997.-2002.), „Srednjovjekovno arheološko nasljeđe Hrvatske (5.-16. stoljeće)“ (2002.-2006.) te „Srednjovjekovno arheološko nasljeđe Hrvatske (5.-17. stoljeće)“ (2007.-2012.) (voditelj svih projekata je prof. dr. sc. Željko Tomičić). Godine 2013. voditelj je projekta Ministarstva znanosti, obrazovanja i sporta „Srednjovjekovno arheološko nasljeđe Hrvatske (5.-17. stoljeće)“. Od 2020. godine voditelj je istraživačkog projekta Hrvatske zaklade za znanost "Razvoj i naslijeđe viteških redova u Hrvatskoj (milOrd)" (IP-2019-04-5513). Sudjelovao je u više arheoloških istraživanja: Zbelava, Slivnica (Slovenija), Hoče (Slovenija), Nijemci, Zvonimirovo, Hajndl (Slovenija), Ilok. Voditelj je višegodišnjih istraživanja lokaliteta viteških redova: u Ivancu (stari grad s crkvom sv. Ivana Krstitelja), na Prozorju (crkva sv. Martina na Martin-Bregu), u Gori (crkva Uznesenja BDM) te Pakracu (ivanovačka crkva i utvrda), kao i na utvrdi Gradišče kod Margečana (pokusno istraživanje).
Na Odjelu za kroatologiju Hrvatskih studija Sveučilišta u Zagrebu držao je predavanja iz kolegija "Hrvatsko arheološko naslijeđe" (2012. – 2017.; nositelj od 2015.), a 2015. godine izabran je u naslovno znanstveno-nastavno zvanje docenta. Autor je dviju izložbi o arheološkim istraživanjima u Ivancu (2003. i 2008. godine). Član je strukovnih udruga European Association of Archaeologists, Société Internationale d´Ethnologie et de Folklore, Hrvatskoga arheološkog društva te Hrvatskoga hagiografskoa društva "Hagiotheca". Od 2010. godine član je uredništva znanstvenog časopisa "Prilozi Instituta za arheologiju u Zagrebu", a od 2014. godine je član i znanstvenih i organizacijskih odbora međunarodnih znanstvenih skupova srednjovjekovne arheologije Instituta za arheologiju. Znanstveni interesi kreću mu se oko srednjovjekovnih tema: od pitanja doseobe Slavena i Hrvata te njihove rane sakralne organizacije novozaposjednotoga prostora, preko pokrštavanja i pitanja prisutnosti, razvoja i utjecaja viteških redova na ovaj dio Europe, do interpretiranja određenih novovjekovnih nalaza.