Hrvoje Kalafatić rođen je 1977. godine u Zagrebu gdje je završio osnovnu školu i gimnaziju. Godine 1996. upisao je jednopredmetni studij arheologije na Filozofskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu. Dodiplomski studij završava 2002. godine obranivši diplomski rad iz prapovijesne arheologije pod naslovom „Tipološko- statistička analiza keramike s lokaliteta Mačkovac- Crišnjevi- sezona 1997.” Poslijediplomski studij arheologije (područje: prapovijest) upisao je 2002. godine. Poslijediplomski doktorski studij upisao je 2006. godine. Doktorsku disertaciju s temom: „Grupa Barice-Gređani i njezin položaj u brončanom dobu Karpatske kotline“ obranio je 2011. godine na Filozofskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu pod mentorstvom prof. dr. Nives Majnarić- Pandžić. Godine 2012. izabran je u zvanje znanstvenog suradnika. Tijekom studija i po njegovom završetku Hrvoje Kalafatić, kao suradnik i kao voditelj, sudjeluje na brojnim arheološkim istraživanjima koje vodi Institut za arheologiju u Zagrebu i druge arheološke ustanove u Hrvatskoj. Tako od 2001. do 2007. sudjeluje u sustavnim arheološkim istraživanjima dvora knezova Iločkih u Iloku na mjestima stručnog suradnika i zamjenika voditelja istraživanja. Od početka sustavnih istraživanja lokaliteta Mačkovac-Crišnjevi 1997. godine do danas, koja se provode u suradnji Gradskog muzeja Nova Gradiška i Arheološkog zavoda Filozofskog fakulteta u Zagrebu, a kasnije i Instituta za arheologiju u Zagrebu, sudjeluje kao član stručne ekipe, a kasnije i stručni suradnik i zamjenik voditelja istraživanja. Dugi niz godina surađuje i sudjeluje u istraživanjima s Gradskim muzejom Nova Gradiška i Muzejom Turopolja iz Velike Gorice. Godine 2007. i 2008. bio je voditelj istraživanja lokaliteta Čepinski Martinci – Dubrava. U Institutu za arheologiju u Zagrebu zapošljava se 2004. godine kao znanstveni novak i radi na više projekata. Od 2008. do danas radi na projektu „Prapovijesni identitet prvih zemljoradničkih populacija kontinentalne Hrvatske” voditeljice dr. sc. Kornelije Minichreiter, odnosno voditelja dr. sc. Zorka Markovića od 2010. godine. Sudjelovao je također na više međunarodnih i domaćih znanstvenih skupova s izlaganjima i posterima, a kao recenzent i savjetnik radio na više izložbi.