Bartul Šiljeg rođen je 1966. godine u Metkoviću, gdje se školovao. Na Filozofskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu diplomirao je arheologiju 1997. godine. Magistrirao je 2001. („Vojna arhitektura Justinijanovog doba na sjevernom Hrvatskom primorju“) i doktorirao 2006. („Proučavanje kasnoantičke naseljenosti Hrvatskog primorja primjenom metode daljinskog istraživanja“) na Odsjeku za arheologiju Filozofskoga fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.
Od 1997. zaposlen je na Institutu za arheologiju u Zagrebu, godine 2013. reizabran je u zvanje znanstvenog suradnika. Od 1997. godine kontinuirano sudjeluje u znanstveno-istraživačkim projektima posvećenima srednjovjekovnom arheološkom nasljeđu Hrvatske: „Srednjovjekovno arheološko nasljeđe kontinentalne Hrvatske“ (1997.-2002.), „Srednjovjekovno arheološko nasljeđe Hrvatske (5.-16. stoljeće)“ (2002.-2006.) te „Srednjovjekovno arheološko nasljeđe Hrvatske (5.-17. stoljeće)“ (2007.) (voditelj svih prof. dr. sc. Željko Tomičić), a od 2007. na projektu „Sjeverno Hrvatsko primorje u kontekstu antičkog obrambenog sustava“ voditeljice dr. sc. Goranke Lipovac Vrkljan. Vodio je višegodišnja istraživanja u Baškoj (Arheološka zona Korintija, Bosar-Sokol), kod Tara (Stancija Blek) i u Voćinu (crkva PBDM). Bio je zamjenik voditelja u istraživanima Zvonimirovo-Veliko polje, Crikvenica-Igralište, Ilok-Dvorac knezova Iločkih, Lopar-Podšilo. Sudjelovao je u mnogim arheološkim istraživanjima u zemlji i inozemstvu. Sudjelovao je u organizaciji znanstvenih kolokvija u Crikvenici 2008. i 2011. godine. Sudjelovao je u projektu „Eksperimentalna arheologija - gradnja replike rimske keramičarske peći u Crikvenici 2011.“ Koautor izložbe „Arheološka topografija: Putovanje kroz prošlost Lopara“, 2014. godine. Zamjenik je glavnog i odgovornog urednika i grafički urednik „Biltena Znanstvenog vijeća za daljinska istraživanja“ te član uredništva znanstvenog časopisa „Prilozi Instituta za arheologiju u Zagrebu“. U Znanstvenom vijeću za daljinska istraživanja HAZU član je Izvršnog vijeća te pročelnik Sekcije za arheologiju i povijesno nasljeđe. Član je strukovnih udruga European Association of Archaeologists, Aerial Archaeology Research Group, Centra za eksperimentalnu arheologiju te Studijske grupe za keramiku u arheologiji. Znanstveni mu se interesi vežu uz kasnu antiku, srednji vijek, daljinsko istraživanje, utvrđenja i staklo.